醫用拖鞋消毒柜(雙門)內部的溫度要達到125℃，而且持續保持10分鐘，才能把對人身體有害的牙孢菌及肝炎病菌殺死。出于這個原因，只有單一遠紅外線消毒功能的消毒柜中不宜存放塑料器皿。
因為要想在柜內達到125℃，不論是采用石英管還是電熱絲發熱，發熱元件附近的溫度肯定會大大高于125℃，塑料容器在長時間的烘烤之下，很容易變形，同樣的原因，消毒柜消毒過的器皿也不能馬上取出來，以免高溫傷手。
不過，有些雙門產品還附加有臭氧殺菌功能，用上層的低溫消毒室專門對那些不耐高溫的進行消毒。其原理是利用高壓無聲放電裝置產生臭氧分子，通過臭氧分子還原成氧分子所產生的強氧化作用來實現殺菌目的。
按消毒方式分，有臭氧、紫外線臭氧、紅外線高溫、超溫蒸汽、紫外臭氧加高溫等類型。其中，臭氧、紫外線臭氧屬于超低溫消毒，消毒溫度一般在60℃以下，適合于不耐高溫的塑料、玻璃制品。
而紅外線高溫、超溫蒸汽、紫外臭氧加高溫屬于熱消毒或多重組合消毒方式，消毒溫度一般在100℃以上，消毒效果好，適合于陶瓷、不銹鋼等耐高溫制品的消毒。另有一些雙門消毒柜上面一層屬臭氧消毒，用于不耐高溫的器具消毒；下面一層是紅外線高溫消毒，用于給耐高溫器具消毒。
單門消毒柜一般只有一種消毒功能；醫用拖鞋消毒柜(雙門)一般為兩種或兩種以上消毒方式的組合。一般地說，單門消毒柜適用于集體飯堂和酒店等的消毒，屬高溫消毒；而雙門宜為家庭選用，因為一般可分為耐高溫和不耐高溫兩類，而一般的雙門柜都具有高溫和低溫消毒兩種功能。
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